通常的污染主要有化學垢，有機物及膠體污染，微生物污染等。

在實際使用過程中，超純水設備反滲透膜污染時間的長短不一樣，其癥狀也不一樣。如：膜發生碳酸鈣垢污染，污染時間為一個星期時，主要表現為脫鹽率的迅速下降，壓差緩慢增大，而產水量變化不明顯，用檸檬酸清洗能完全恢復性能。

反滲透膜污染往往不是單一的，其表現的癥狀也有一定的差別，使得污染的鑒別更困難。鑒別污染類型要綜合原水水質，設計參數，污染指數，運行記錄，設備性能變化及微生物指標等加以判斷。超純水設備污染常見有：膠體污染、微生物污染、鈣垢污染。

新的超純水設備反滲透膜元件通常浸潤1%NaHSO3和18%的甘油水溶液后貯存在密封的塑料袋中，在塑料袋不破的情況下，可以貯存1年左右，也不會影響其壽命和性能。假如塑料袋開口后，應盡快使用，以免因NaHSO3在空氣中氧化，對元件產生不良影響。因此膜應盡量在使用前開封。

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